通知规定，自２００７年５月１日起，对海峡两岸船运公司从事福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务在大陆取得的运输收入，免征营业税。享受营业税免税政策的纳税人应按照现行营业税政策的有关规定，单独核算其免税业务收入；未单独核算的，不得享受免征营业税政策。

　　船运公司在２００７年５月１日之后已缴纳的应予免征的营业税，可以从以后应缴的营业税税款中抵减，年度内抵减不完的可予以退税。