康熙二十二年（1683年）六月二十二日，清军对澎湖发起总攻。施琅下令：都督陈蟒、魏明等率战船五十艘为东路，进攻鸡笼屿、四角山，作为奇兵夹攻澎湖；总兵董义等率战船五十艘为西路，进入牛心湾，作为疑兵牵制敌人；留八十艘战船作为后援，自己亲率主力船队五十六艘，分为八队，排成“五点梅花阵”，从中路进攻，直指刘国轩的指挥中心娘妈宫……

在施琅专征台湾的同时，姚启圣受康熙谕令，筹运粮饷。自施琅从平海乘北风进兵受阻，证实了乘北风出兵之策不可行后，姚启圣深知已无亲征澎、台机会。这样，在专征权和进兵时机上，他都无法再与施琅相争。然而，姚启圣欲平台建功之念未绝，眼见灭郑指日可待，自己却不能建此不世之功，心有所不甘，于是改弦易辙，动了招抚之念，欲另辟蹊径。姚启圣希望通过招抚以奏收复台湾之功，力图把平台的重心从武力攻取转移到招抚上来，而此时恰好出现了这样一个机会。

早在康熙二十年（1681年）八月，台湾岛内经济萧条，灾荒不断，米价腾贵，民多饿死，统治局面处于极度动荡中，为镇守鸡笼山的郑军搬运粮食的台湾原住民，因不堪劳役之累、鞭挞之苦，纷纷奋起反抗，郑克塽遣宣毅前镇叶明等统兵进行镇压，剿抚兼施，总算平息了反抗。值此内忧外患之际，郑氏集团为避免与清军直接交锋，维持其盘踞台湾的局面，又佯行受抚之策，以期争得喘息之机。刘国轩与郑克塽商议后，决定趁清军开赴澎湖之前，遣人与清廷商议和谈之事。

康熙二十一年八月初三，刘国轩遣翼将蔡猷雄、总兵黄学以及随从十余人，从澎湖驾船至闽，拜见总督姚启圣等人，请求照琉球、朝鲜等外国之例，称臣奉贡而不削发登岸。姚启圣热情地接待了他们，并积极为之撮合，即刻将此事上奏朝廷。

收到奏疏后，康熙当即表示，郑经在世时还能苟延抗拒，如今郑经已亡，岛内混乱无序，余党彼此猜疑，离心离德，正是剿灭的时机，不能停止进剿。为慎重起见，康熙于初八命议政王等大臣会议具奏。初十，议政王大臣回呈讨论结果：台湾郑氏集团“俱系闽地之人，不可与琉球、高丽外国比”。他们若能削发归诚，可派能干之人前往招抚。如果是冀图缓兵，就请督、抚、提了解清楚，遵照前旨，择机剿灭。康熙闻奏后表示同意，并将此谕旨颁发给姚启圣。

此后姚启圣仍没有放弃对台湾的招抚。想到此前自己曾买通户部给事中孙蕙代为奏请康熙暂缓进兵台湾，随后左都御史徐元文和尚书梁清标又以福建之地长期遭受战火蹂躏、民贫兵苦之名上奏，请求暂缓出兵台湾。尽管最终未遂，但其对民众的体恤之情曾得康熙赞许。于是决定以福建督、抚、提联名具奏的方式，题呈《为派船阻扰台湾贩洋耕种事本》上疏康熙。姚启圣在奏折中写道：“臣自海上班师，见台湾之寇，议抚，则狼心未必即驯，议剿，即机会未必即得，计惟禁三省之接济，阻台湾之洋贩，扰海贼之耕种”，“使之饷绝粮单，计穷力困，而且兵将离心，则剿之必破，抚之必来。故台湾非不可剿，而亦非专用兵威可以必得也。”从表面上看，姚启圣对剿抚两端并不持有倾向性，但其实质是反对马上进兵台湾，因为他认为议、剿两策均“机会未必即得，计惟禁三省之接济”，对台湾郑氏采用禁接济、阻洋贩、扰耕种、用间谍的办法，方是上策，希望通过对郑军实行围困和骚扰的方法，迫使郑氏集团主动来降，即使他们不来投降，再行剿灭就更容易了。说白了就是还要禁海迁界。时任福建陆路提督的万正色与姚启圣同声合气。万正色历来不赞成武力进剿台湾，此时见姚启圣也转而主张招抚，二人遂一拍即合，合疏上奏康熙，提出征台有三不可行：“一曰，十年生聚，十年教养，况于数十之积寇乎；二曰，汪洋万顷之隔，波涛不测之险；三曰，彼船只坚牢，水务精熟。”[1]与此同时，姚启圣积极行动，企盼招抚能收到实际成效。

客观地说，尽管姚启圣等不懈地四方奔走、力行招抚，固然有其建功立业、流芳千古的个人功利诉求，甚至还有个别武将畏惧海战、个别文官不负责任。但历史地看，在当时“三藩”初定、民众求生、经济待兴的情况下尽力回避战争，耐心地等待机会，不失为一种稳妥选择。而选择与否、选择的结果如何，则取决于选择者的眼光是否高远、计划是否周到、判断是否准确、刚勇与韧力是否充分，特别是机遇是否眷顾。但无论结果如何，执姚启圣等选择的人是不能千古的。因为战争刺激了人本能的兴奋，而使参战并且胜利者留名于史，即或是野史。今天后人记得姚启圣，记得他在平复台湾的过程中的所作所为，皆因台湾最终平复和平复的方式。

不管怎样，姚启圣孤行己见。康熙二十一年（1682年）十二月，他派遣郑军降将、福州城守副将黄朝用过海议抚，以便观察郑氏集团对招抚的真实态度。据《台湾外纪》记载，与刘国轩交好的黄朝用先至澎湖见刘国轩，先陈述了姚启圣的招抚意见，后乘船赴台面见郑克塽。由于冯锡范自恃有波涛之险，坚持不受抚；刘国轩也自恃有军事才能，对招抚态度暧昧，两人经反复磋商，始终未有定见。刘国轩启请郑克塽，让天兴知州林良瑞改名为林珩，加为总兵，随黄朝用前往福州见姚启圣，同时借机窥探清军水师之虚实。林珩等人于康熙二十二年（1683年）一月二十五日到达辽罗，时施琅已率水师从平海返回厦门，正为征台做最后准备。林珩本欲拜见施琅，遭拒，只得怏怏赶至福州见姚启圣。姚启圣行文与施琅，说遵从圣上对台行剿抚之旨，应以抚为善策。施琅则回答，自己奉旨专征，如果郑氏真诚向化，当必遵制削发。由于施琅不同意招抚，姚启圣终不敢做最后的决定，遂上疏朝廷，报告刘国轩等遣使求和，条件仍是照朝鲜外国事例，只称臣纳贡，不剃发登岸，请皇上定夺。

一时间，在福建前线以姚启圣为首的封疆大吏们纷纷主张行招抚之策，施琅颇感孤立，遂于康熙二十二年（1683年）正月二十一日上疏《海逆形势疏》，指出“海逆形势将灭，不宜少宽自解贼危”，恳请清廷不要动摇征台之意。在奏疏中，施琅首先明确表示不同意对台行招抚之策，并说姚启圣之奏章虽列有其名，却未与之商议。“督臣凡所会同章疏，未尝移稿议定，先已列名入告，后送画题，故臣不得不沥陈之。”随后，施琅报告了水师在平海操演的情况，说明舟师已得到了实战的锻炼，“虽未及直抵，使官兵屡涉汪洋之中，冲风颠浪，愈练惯熟。”只要出征，就能克敌制胜。同时详细介绍了郑军内部的情形和最新的动向，指出郑军已处风声鹤唳之境，“人人思危，多有叛离之心”，正是征台之极佳时机。施琅分析指出，姚启圣主张徐待郑氏来归是行不通的，“督臣如此主持不定，似非善策”，此时的郑氏集团“譬若有人焉，扼其吭，气将垂绝，一为之稍松，则其气舒而复起。”让其获得喘息之机，则可能反受其害。最后，施琅再次阐述了及时征台的意义和攻取台湾的信心。

此时的施、姚之间已从原来专征和同征、南风和北风等争执，转变为进剿和招抚之争。姚启圣由于不能同征，心中颇为不满，甚至对施琅有些反感，因而考虑问题显得不够冷静，不排除他提出招抚的目的是为了能重新将平台重心掌握在自己手中，这在一定程度上给施琅率师平台增添了压力。

据《清圣祖实录》记载，在接到姚启圣的奏疏后，康熙敕示：“台湾皆闽人，不得与琉球、高丽比。如果悔罪，薙发归诚，该督、抚等遴选贤能官，前往招抚。或则闻知大兵进剿，计图缓兵，亦未可料。其审察确实。”并下令：“倘机有可乘，可令提督即遵前旨进兵。”

    施琅从谕令得知皇帝主剿之意未曾动摇，心中大定，遂于四月二十六日再次题呈《海逆日蹙疏》。施琅通报了近期军情，郑军因前来投诚将士甚多，已是危在旦夕，征剿台湾定能成功。他还备述自己上任以来，不仅积极练兵备战，且早就密遣心腹潜入郑军内部，与自己昔日旧部取得联络，候进军之时，即可为内应。目前已训练精熟水陆官兵二万余名，“操练有日，可称精熟，足以破贼。”并再次强调以南风进兵的主张。“乘夏至南风成信，当即进发捣剿。盖北风刚硬，骤发骤息，靡常不准，难以逆料；南风柔和，波浪颇恬，故用南风破贼，甚为稳当。”最后施琅以内容涉及遣台密探之事属机密为由，请求康熙将奏章留中不发。

尽管姚启圣接到谕令，仍抱着最后一线和平希望，再遣黄朝用赴台，申明清廷的招抚条件，进行谈判的最后努力。然而刘国轩却故态依然，坚持以外国之例，方可就抚。姚启圣无奈，只得具实上奏。康熙接阅后态度坚决，不容许郑氏集团以外国之例为和谈条件，和谈的大门就此关闭，姚启圣也绝了招抚之心，转为专心支持施琅的武力平台工作。由此可见姚启圣用心之诚，品性之端。

五月二十三日，康熙催促施琅进兵。施琅下令水师集结，一场具有深远意义的征台海战即将拉开序幕。施琅全身心投入到紧张的战前准备工作中，他一面再次审视了征台方略、进兵时机，一面选将练兵。在战前动员中为鼓舞士气，消除将士的畏敌心理，施琅针对万正色提出的攻台“三不可行”，提出了“三胜之道”。据《榕村语录》记载，施琅对众将士说：“我朝廷新平三藩之福气，一也；吾以天下之财赋，彼以区区之一隅，二也；以我之众百倍于彼，三也。”施琅得出必胜之道，不是单纯从军事角度，而是从清朝平定“三藩”之乱以后全国大局已定的有利政治形势、国家强大的物质基础以及军事力量等三方面进行分析的。施琅对于当时台湾海峡两岸客观形势的透彻分析，大学士李光地给了很高的评价：“人论本朝之将，以赵良栋、施琅并称。今观之，赵虽御下亦有恩威，临事亦有机智，若论能揽天下大事，刻期成功，未必如琅”。

施琅坚持因剿寓抚之策，沿用早在十三年前提出的先取澎湖、后取台湾的战略方案。他认为，郑氏所以敢与朝廷抗衡，拒不接受招抚，全赖海峡天堑，以为朝廷无力攻台，如果先攻取澎湖，等于向郑氏集团宣告汪洋不足赖，使其消除侥幸心理，再对其或抚或剿，都处于有利地位。澎湖乃台湾四达之咽喉，外卫之屏障，占据澎湖将对台湾形成大军压境的态势，必然引起台湾军心动摇，瓦解郑氏集团的意志。他清楚地知道，清军直抵台湾岛与郑军恶战，横渡数百里的台湾海峡，长途奔袭，以疲惫之师对以逸待劳的郑军，乃兵家大忌。况且海上风浪难测，十多年前两次出师不利至今令施琅记忆犹新，而澎湖恰好在台湾海峡之中间，清军省时省力即可与郑军交战，胜算较大。

选择首攻澎湖，施琅还另有战术目的。第一，此役必然是一场生死恶战，恐难一战即克，届时在汪洋中泊船不易，取澎湖或周边小岛就可以泊船歇息，以利再战；第二，攻占澎湖以后，可将其作为基地，修缮船只、休整兵员、补充给养以后，伺机再攻台湾；第三，澎湖守将刘国轩曾是施琅手下的一名千总，此人虽智勇兼备，但施琅对其较为了解；第四，郑经死后，郑氏集团大权操纵在冯锡范和刘国轩手中，冯锡范主内，刘国轩把持军权，一旦打下澎湖、刘国轩战败、歼灭了郑氏集团之精锐水师，台湾唾手可得。反之，如果是他人镇守澎湖，郑军战败，刘国轩等士气尚在，则清军抵达台湾后还有一战，不利于平台的顺利实现。

    施琅不愧为清初杰出的军事家，他主张战于澎湖，而不战于台湾本岛，可以说是“识天时利害、地理向背”，后来的事实证明这个决策极为英明。

经多年研究施琅已基本熟悉和掌握了海峡地区的气象情况，夏季台湾地区高温多雨，能见度较好，特别是在偏南风向下，风速和缓顺畅，利于舟师渡海。乘南风风轻浪平之利，五、六月间是进兵的好时机。在进兵的路线上，施琅也考虑周详，决定从铜山出发，穿过台湾海峡，袭击刘国轩侧背，可收到出其不意、攻其不备之效。

施琅开始广罗征台人才，竭力做到人尽其用。

施琅行文给姚启圣，言明进剿日期已近，自己准备以南风进兵，称赞姚启圣所捐资建造的大小船只、所招募的水军官兵都将为征台做出贡献，若征台胜利，姚启圣功不可没，并请他选派部下朱天贵所属的一半官兵随征。朱天贵乃姚启圣的亲信部将，且骁勇善战，熟海道，曾是郑军中著名的水军将领。朱天贵所部原本留在福建作为策应，此时施琅主动提出要朱天贵所部一半官兵随征，其意还在于缓和与姚启圣的矛盾，争取总督的最大协助。时值征台关键时刻，姚启圣捐弃前嫌，对施琅的征台工作给予了全力支持，迅速采取措施修治船只、筹措粮饷，保证朱天贵所部官兵的顺利从征，并拨出六十一艘战船、一万一千余名将士，由朱天贵率领随征。

据《清圣祖实录》记载，随施琅同征的还有原兴化总兵官吴英，施琅曾一度打算将其留于厦门镇守，总领征台后续部队，后又考虑到若到澎、台后，要进行陆地作战，需智勇双全、水陆作战均较为熟练之人统领指挥，而吴英统率东征军陆路官兵最为妥当，施琅遂咨文与姚启圣，请其代奏康熙，让吴英随同东征台湾。姚启圣接到施琅的咨文后，一面具疏题奏，一面迅速通知吴英前往施琅军中。

一般来说施琅在用人方面能够不拘一格。有一名叫蓝理的勇士，向来桀骜不驯，被姚启圣弹劾其罪而下狱。施琅闻其勇武，遂奏请赦免其罪，并署为水军先锋。蓝理任先锋官后，其部下有两个士兵外出买柴，无故遭受军中一个名叫噶叭什的提标一顿痛打，两兵士投诉于蓝理，蓝理听了士兵的申诉，把噶叭什抓来杀了。噶叭什是旗人，在军中享有优越的地位，且其错误也罪不至死，这件事如果朝廷追究下来，不但蓝理，就是施琅也不好交代。施琅得知此事后，心里很不痛快，但大战在即，如果处分蓝理，会挫伤他的的锐气。于是便装做若无其事，并激励蓝理。后来蓝理果然不负所望，立下大功，足见施琅的知人善任。

但他用人上也有更深层次的狡黠。比如，黄廷原为郑军大将，其才干是不容置疑的，降清后又被封为慕义伯，但由于施琅与黄廷结有宿怨，在施琅任水师提督后，即使在征台时急需熟悉海战的将领，黄廷也未被启用。

为激励全军将士不畏强敌、勇敢向前，施琅还让自己的家人和族人三十余人随船出征，其中就有施琅的四个儿子。这些人都具有丰富的海战经验，可谓打仗亲兄弟、上阵父子兵。统率无私，兵士自然个个奋勇。

攻台万事俱备，进发只待南风！

此时，身在台湾的郑克塽接到了清廷的《讨伐通牒》，他与众多叔父、幕僚们惶恐不安，担心战争一旦临头，将可能玉石俱焚、满门抄斩。在一片惊慌和混乱之中，有人甚至主张派使者南联吕宋诸国、北结日本，许以重酬，请他们派船派兵来台，共御清军。此时，刘国轩等将领显示出了战将的勇气，坚决主张决一死战，成败在此一举。郑克塽派刘国轩亲驻澎湖，全盘指挥这场决定台湾命运的战斗。

有趣的是，刘国轩过去是清军的将领，现为郑氏集团效命；而施琅过去是郑氏集团的将领，现为清廷效命。二人都背叛了原来各自的阵营。其中一段时间，两人同事一主，还是上下级的关系，相互了解甚至关系不错，如今两人各为其主，开始了面对面的生死一搏。不同的经历、不同的境界和如今不同的东家，同一场在原来同一拨熟人间的战争中，最后的结局以及各自的命运似乎早已决定。

鉴于澎湖战略地位的重要性，刘国轩组织了青壮年敢死队，抽调民兵为预备役，将澎湖守军骤增至二万多人，又将文武百官的私船甚至商船改造为战船，舰只总数达到二百余艘。刘国轩命戎旗一镇吴潜镇守澎湖风柜尾，果毅中镇杨德镇守澎湖鸡笼屿，后提督张显镇守澎湖牛心湾，游兵镇陈明镇守澎湖四角山，果毅后镇吴禄镇守澎湖内堑，壁宿镇杨章镇守澎湖外堑，右虎卫领兵江高镇守澎湖东屿。刘国轩不仅将郑军主力悉数摆在澎湖，并在澎湖建立了坚固的防御工事，在娘妈宫、风柜尾、鸡笼山、四角山、内外堑、西屿头、牛心湾等处，添筑炮城十四座；在有利于登陆的地段，还挖建了二十多里的高墙和壕沟，安设铳炮，进一步加强防御，做好了与清军决战的准备。

尽管刘国轩如此迅速地部署和集结军队出乎施琅的意料，但并未使性格坚韧的施琅一脚踏平万顷浪的英雄气势有所减弱。康熙二十二年（1683年）六月初，全体水师集结于铜山待命，同时姚启圣为出征部队预支了两个月的粮食和五十万两饷银，及时解决了粮饷及军火器械等供给问题，还额外送来了酒、猪、羊和三十万石白米等食物劳军。

澎湖西距福建厦门港八十海里，东距台南安平港五十四海里，在历史上一直是连结大陆与台湾本岛的桥梁。四周海域波涛汹涌而内海平静如湖，故又名彭湖、平湖、西瀛等。早在南宋时期，澎湖就有汉人居住，澎湖的开发早台湾四百多年。那里百分之八十的岛民以捕鱼为生，环岛海滨帆樯林立，入夜后万点渔火流动，甚为壮观。碧海蓝天，沙滩绵延，空气清新，再加上有复杂变化的海岸地形，是个容易攻取的地方。

战争的浓云弥漫于台湾海峡上空。在这里即将发生的澎湖海战，不仅是中国历史上，更是台湾历史上的重大事件，对后世产生了深远的影响，因而诸多典籍史料均记载了这场惊心动魄的大海战，其中尤以《台湾外纪》著述最为详尽，施琅在《飞报大捷疏》中也有详细记述。

六月十一日，福建水师各镇、协、营等齐集铜山誓师。施琅命卫兵捧上一个覆盖着红绸的大盘，伸手一掀，乃是一大锭银子，上刻有“先锋”二字，乃为先锋银锭。施琅让诸将遍观此银，并传令：“征剿澎湖，谁敢为先锋者，领取。”众将未有人出应，惟提标署右营游击蓝理挺身而出，领取先锋银。接着，施琅命大书各将姓名于船舰风篷之上，以辨其进退，利于严明赏罚。誓师完毕，清军舟师即各就各位，只待南风一起，即拔锚启航。

等待南风到来的施琅像三国时期等待东风的周瑜，有着期待的兴奋，备受渴望的煎熬。他在大帐外设立一面测试风向的大旗，命侍卫时刻关注，一旦风向有变，即刻禀报。六月十三日，夏季入暑第三天的清晨，施琅像往常一样骑马至海边，登高遥望海面。但见茫茫海平线上灰蒙蒙的云团中喷涌出一轮血红的朝阳，将南边的海面镀上了一层紫红色，排空峙立的浪涛泛着泡沫，裹着海藻，喧嚣着、奔腾着，一次比一次更有力地撞击礁石。凭借丰富的经验，施琅敏锐地觉察到南风来了，即刻升帐、点将、祭江。他颂读祭文，祈求海神庇佑，风顺浪静，剿灭顽敌，并率众将士行叩拜之礼，随后下令全军登船。此时，南风骤然而起，旗舰上宝蓝缎面的将旗猎猎作响，上面绣着一行遒劲的鹅黄大字“太子少保、统领水师提督施”。旗舰之后，满载水兵的战船一列列依序驶出港口，将官的姓名和官衔赫然于船旗上。清军水师二万余人，各型战船二百三十六艘，于康熙二十二年（1683年）六月十四日，分兵三路乘西南风从铜山出港，向澎湖进发。

南风越来越强，战船轻松行驶在洋面上，舰队按照旗舰的号令不断变换着队形。此时六十三岁的施琅站在旗舰的船楼上，深邃的目光仿佛穿越几十年的时空，放射出灼人的光芒，里面包含着仇恨、智勇和使命，以及他生命的全部意义。此役之于施琅是一场只有一种结果选择的战斗。

船行一天一夜，澎湖岛渐渐临近。岸边突起的礁石，像怪兽一样在雾中若隐若现。六月十五日，清军到达澎湖的第二大岛西屿[2]西南的猫屿、花屿和草屿等岛屿。海上巡逻的郑军哨船发现了清军舟师，急忙回报刘国轩。当夜，施琅传令船只泊于澎湖南大门的八罩岛，并遣官员乘小哨船到尚无郑军据守的将军澳、南大屿等岛安抚百姓。

刘国轩虽然在澎湖驻兵设防，但对施琅六月进攻澎湖的说法却颇为怀疑，曾对部下说：“六月风波不测，施琅是惯熟海务者，岂敢故犯突然兴师乎？不过是虚张声势”，等到接悉哨船的报告，刘国轩大惊，急遣领兵吴略持令箭给右先锋陈谅，命其督陆路诸将谨守，并传令镇守狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东峙、牛心湾等各要冲的将领，将炮移至海岸，以防清军停泊，令各水师将领驾驶大帆船、鸟船、赶缯船，环泊于娘妈宫前和内堑、外堑、东峙、西峙各要口，准备迎战。宣毅左镇邱辉向刘国轩建议，乘清军远航疲惫，又立足未稳、兵心未定之机主动出击，然而刘国轩却自恃防守严密，清军舟师无停泊之所，而且认为海面风暴将起，因而拒绝了这个建议。邱辉等人不敢争辩，只得怏怏而退。

当清军水师抵达澎湖外围，驻守猫屿、花屿等澳上的郑军守兵，见施琅大队舟师已至，众寡悬殊，随即不战而退，撤往澎湖本岛，并向刘国轩报告清军战船泊于八罩岛，且船只众多，其势颇大，恐惧之情溢于言表。邱辉见郑军人心惊慌，再次挺身而出，请求乘退潮之机，前去冲击清军。刘国轩坚信日内必有大风，仍然拒绝了邱辉的请求，仍按兵不动，仅发布命令驰告各地将士小心防御。刘国轩部属二万多人、战船二百余艘，等待着猛扑而来的清军。

就在刘国轩苦等天赐大风的时候，施琅正在做着进攻前的战斗部署。他召集各船将领于旗舰上，在桌上用大米堆集成澎湖岛各处的地势，一一讲解，并严申：不用命者必按军法处置。六月十六日，清军抵近澎湖本岛，施琅下达了进攻命令，平定台湾的第一役在澎湖打响了。

清军先锋蓝理率七艘战船率先冲入郑军船阵，击沉和焚毁郑军战船多艘，标右营千总邓高匀等驾船五艘，击沉郑船三艘。时值南潮初发，清军数船争先，未能保持好战斗队形，互相冲撞，不成行列，有几艘船被潮水冲近炮城，郑军乘机集中火力轰击，并集中战船齐出围攻。施琅亲督诸船冲入敌阵，与兴化镇吴英前后夹攻，救出数船，力战得脱。就在这紧要关口，飓风突发，怒涛山立，蓝理所率水师前锋船簸荡漂散，战斗阵形被狂风打乱，遭到郑军船舰四面围攻，形势危急。施琅见状，率舰船冲击敌船，郑军右武卫林升遂集数艘战船合攻施琅，旗舰陷入重围之中。亲兵冯苓突见郑军船上一只火铳枪正瞄准施琅，他奋力向施琅扑去，随着一声枪响，冯苓被击中胸部，倒地而亡。酣战之中，施琅被一发流弹击伤右眼，顿时血流满面，其子施世骥、施世骠、施世骅等大惊，扑上相救。施琅奋力推开众人，额上青筋暴凸，忍着剧痛擂起战鼓。

危急时刻，先锋蓝理望见施琅受困，率船冲入重围，接连击毁三艘敌船，郑军战船畏怯其神勇，不敢再前，主帅、先锋得以联手攻敌。战斗正酣，蓝理被郑军一炮击伤，顿时腹破肠流，倒于船上，郑军督征北将军曾遂大呼“蓝理死了！”蓝理之二弟蓝瑶冲过来扶起蓝理，只见蓝理奋力大吼道：“蓝理尚在，曾遂死了！”转身吩咐侄子蓝草茵拿刀来，接着大吼三声“杀贼！杀贼！杀贼！”其万丈豪情和英勇气概极大地鼓舞了众将士，顿时人人勇气倍增，无不以一当十。蓝草茵提过一把刀来，递到蓝理手中，见蓝理的肠子流出腹外，忙捧起为其纳入腹内，蓝理之四弟蓝瑗解衣为其包扎伤口，五弟蓝珠用布带将其腹部交错裹缠，随后蓝理又投入了战斗。后来，蓝理以此英勇壮举荣获“破肚将军”之美名。正在形势危急关头，清军千总游观光喊杀连天，率部乘风直扑而来，与施琅会合至一处，奋力死战，救得蓝理，一同突出重围。

在主帅、先锋均遭重创的情况下，又因天色渐晚，清军急忙撤退。郑军将领左虎卫江胜、邱辉欲领兵追赶，刘国轩担心清军有埋伏，又因军中缺粮，恐部属溃散，不敢追击，下令鸣金收兵，施琅得以从容撤退。清军水师收拢后，在西屿头锚泊。当日战斗，郑军损兵二千余人，毁船约二十艘，清军将士亦有伤亡，但战船尚无大损。

郑军回至岛上，邱辉拜见刘国轩，请求乘清军水师初战不利、锐气受挫之机，愿与江胜当夜率十只大船前去偷袭。兵法有云：“半渡可击，立营未定可击，乘虚可击。”如今清军半渡、未稳、有虚，犯此三忌，原本正是袭取的大好时机，然而刘国轩仍寄希望于台风，对邱辉说：“今日已挫其锐气，但谨守门户，以逸待劳为上。彼船许多，所寄泊垵屿，悉无遮拦之澳，咸是石浅礁线。早晚风起，定不战而自溃。”[3]刘国轩未乘胜追击，坐失了良好战机。

第二天，施琅回师停泊于八罩岛，郑军即刻回报刘国轩，刘国轩窃喜道：“谁谓施琅能军？天时地利，尚莫之识。诸军但饮酒以坐观其败耳。”

依常例，六月时节，澎湖难有五日和风，常常骤起飓风，怒涛山高，变幻莫测。施琅对海事稔熟于心，明知舰队停泊处属危险之地，却并无良策，因为澎湖三十六岛凡能用于停泊兵船的军事要地，均被郑军占领。施琅对天叹道：“三军命悬，悉听之天。”忽然，海流湍急，兵船难以停泊，海潮骤涨，倏忽间竟与岛平，看上去一场摧天飓风就要袭来，情形万分危急。可是不知缘何，老天蓄势造作一阵子，竟突然平息，大海归于平静，天空依旧晴朗，舟师再复平安。喜得施琅额手称庆：“天佑我师也！”

天赐良机，施琅下令整军，检讨失利的原因。十六日的澎湖初战失利，固因清军所处风、潮不顺，但在战斗中多数战舰徘徊不前，更是清军未能占据主动的一个重要因素。施琅对部下的表现很不满意，传令诸镇、协、营将等各领职将领至中军船议事，严厉训斥众将：“贼船并无多少，尔等俱不协力向前，而是互相观望，以致拖延到潮落时，贼军得以顺水向我大肆进攻，若非蓝理，本提督岂不危哉？”[4]下令赏蓝理银二千两，游观光银一千两，其余按照有功、有伤等情形，分别给予赏赐，并拨船载蓝理及其他伤者回厦门。随后，下令将詹六奇、方却、方永捆缚，以临阵退缩之罪斩首示众，经吴启爵、吴英等再三请求，施琅方才放过，允准戴罪立功。遂将几名将领释去绑缚，然后重申军令，严明赏罚条令并晓谕全军，对作战勇敢、率先破敌者以及率先跳过敌船者，给予越级擢升和重赏银两的奖赏，对畏敌不前和游移观望者将严惩不殆。施琅还令各官兵立下军令状，以励官兵奋勇杀敌。此时先锋蓝理不顾伤重，坚决留下继续参战，施琅壮其行，遂同意其请求。通过整军，施琅水师军威再振。

六月十八日，施琅率师出战，总兵吴英进取虎井、桶盘二屿。十九日，施琅率罗士珍、张胜、何应元、刘沛、曾成等坐小赶缯船，深入郑军腹地内堑、外堑，侦察地形和郑军的防御设施，并根据所侦知的情况重新布置作战方案。二十日，施琅为拖延时间整军、备战、探敌，遣使招降刘国轩，遭拒。同日，清军把赶缯船、双帆船分作两股，佯攻内堑、外堑，既分敌势，又故意一战即退，行骄兵之计，以麻痹郑军。从十六日到二十一日，多数时候都刮着柔和的偏南风，清军处于上风方向，利于趁风势扬帆快速冲击郑军，施琅决定与守御澎湖的郑军主帅刘国轩进行决战。

清军舰队二十一日晚起航，二十二日对澎湖发起总攻。据李光地的《榕村语录》所载，刘国轩闻讯，正欲整兵御敌，望见天边的黑云，大喜，遂不排兵，而让部下摆酒做戏，并说：“立见来船漂没矣！”酒筵摆开，忽然传来隆隆之声，刘国轩环顾众将问是何声，不过仍饮酒自若。过了一会儿，隆隆之声大作，分明是雷声，刘国轩这才大惊失色。原来，澎湖一带海面有一个规律，乌云起必飓风起，雷声作则风云立散。刘国轩跳将起来，将筵席一脚踢翻，仰天长叹：“天意如此，非人力能胜也，罢！罢！”随即将树有主帅旗帜的大船换与他人，自己则备好一条小船，以做败逃之用。

战斗打响后，施琅利用西南风优势，将清军分前、中、后三路进攻郑军。都督陈蟒、魏明、副将郑元堂等领赶缯船、双帆艍船共五十艘为东线，由东畔直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻娘妈宫；总兵董义、康玉、外委守备洪天锡领赶缯船、双帆艍船共五十艘为西线，由西畔内堑直入牛心湾，佯动登陆，作疑兵牵制西面之敌；施琅亲率朱天贵、吴英等领船56艘为主力，居中进攻郑军主阵娘妈宫。以上三路清军船队同时向守岛郑军发起总攻，直捣娘妈宫，另有八十余只战船留为后援。

施琅将中路主力船队分为八股，施琅居中率一股，兴化镇吴英领一股居左，平阳镇朱天贵、前营游击何应元合领一股居右，金门镇陈龙领一股在次左，署中营参将罗士珍、署右营先锋蓝理、署后营游击曾成合领一股在次右之右，署铜山镇陈昌领一股在次左之左，海坛镇林贤领一股在末右，厦门镇杨嘉瑞领一股在末左，每股七艘战船为一个战斗群，按三迭队形前进。所谓三迭，即一艘船在前，六艘船分为二排在后，每排三艘。

刘国轩指挥各船齐起帆碇，从娘妈宫出发四处迎敌，令刘明督其右镇尤俊、龙骧左镇庄用、侍卫中镇黄德、右镇蔡智、骁翊协蔡添、领旗镇林亮、勇卫前镇曾遂、中提督总理陈国俊、右武卫随征二营梁麟、水师二镇前锋镇营李富、左营张钦、水师三镇右营许瑞、水师四镇右营林耀、折冲左镇左营陈勇、右提督后镇左营王受等，乘鸟船、炮船、赶缯船、双帆艍船，率各种大小战船，一同迎击清军。当时，尽管澎湖守军数量略少于进攻的清军，并处于逆风逆水的不利地位，但郑军占据澎湖各要点，地形上占优势，再加上以逸待劳，且郑军战船有炮船、鸟船、赶缯船等数种，其中炮船上安设红衣大炮一门，重数千斤，船头两边安设发熕二十余门、鹿铳百余枝，火力强大，在实力上并不逊于清军。

两军对垒，一场恶战在海面上展开。炮火震天，矢石交攻，弹矢如雨，烟焰蔽天，咫尺莫辨。据说施琅的大军在与郑军鏖战时，将士在舟船之中恍若感到妈祖莅临左右扶护，在烟雾迷漫的海面上护佑着战船破浪前进，以其凛凛神威震慑敌人。将士们个个精神抖擞，斗志高昂，奋勇杀敌，喊声震天。当中路主力战船与郑军战船接战时，清军按照施琅制定的作战方针，迅速变换成“五点梅花阵”，即以多艘战船攻敌船一艘，接连击沉数艘郑军战船，郑军死伤落水溺毙者甚多。

见清军将士用命争先，锐不可当，刘国轩遂命发射火箭喷筒以克敌。总兵林贤、朱天贵等清军将领率先冲入敌阵，尤以朱天贵最为勇猛，力敌三船。激战中，朱天贵与邱辉之战船相遇，两人原本是儿女姻亲，朱天贵立于船尾楼上高叫亲家速来投诚，邱辉大声怒骂，随即下令开火，只听一声巨响，朱天贵立时阵亡。林贤前来援救，却被困于下风，身上连中三箭，火药、弓箭也将尽，无奈之下，只得将铁锅打碎，犹自开火御敌。眼见郑军逼近，即将登上战船，林贤自忖必死，准备取火自焚，幸清军数只战船齐来从外攻救，林贤大喜，奋勇督众攻击，内外夹攻，击沉击伤郑船二艘，郑军退却。

两军拼死力战，不料施琅的旗舰忽被大风吹至沙滩搁浅，郑军船只蜂拥而至，竭力围攻。施琅临危不乱，指挥将士沉着应战。蓝理远远望见，挥船冲风破浪前来相救，风篷上长宽各两丈的“蓝理”二字分外醒目，郑军遥见，惊叫“蓝理来矣！”尽皆退避不迭。蓝理迫近一艘郑军船只，持刀飞跃而上，斩敌十余人，郑军纷纷跳水逃遁。施琅换舟而乘，复回战场。吴英督率一股清军位于施琅之侧翼进攻郑军，他令总旗领黄登、副旗领汤明在船头，自己在尾楼督战。激战之际，郑军枪箭齐发，汤明身中数箭阵亡，吴英右耳被火铳打裂，战船又因潮退被搁浅于海滩，众军士尽皆慌乱起来，黄登亲自操篙，船舰方才微微顺着波浪移动。这时，郑军邱辉、江胜等数只大船围攻过来，吴英等众将士陷入危境之中，施琅急忙指挥几艘战船救援，内外夹攻，击退郑军，遂合兵一处，继续与郑军展开激战。

这场海战进行得异常惨烈，大海之上巨炮轰天，声动天地。清军各船奋勇围击，以五船合围郑军一只，郑军战船或被火罐所烧，或被炮火击沉，郑军士兵或跳水溺毙，或为火所焚，不可胜计。郑军江胜被围，见情势危急，恐遭擒获，遂引爆船中火药，满船兵士沉没于大海之中。邱辉往来接应郑军的各处战船，挥炮乱击，其势雄猛，但终被清军七、八艘战船困住，邱辉奋力死战，屡次击退欲登船的清军。最后，邱辉身负重伤，见情形危在旦夕，遂点燃火药桶，随着一声震天的爆炸声，船上的郑军官兵全部葬身海底。江胜、邱辉这般刚烈之人、这等无畏之举，不知后人作何评价。但因为历史通常为胜利者所书写，自然他们没有成为烈士，甚至名字已经被人淡忘了。

经过激战，东西两翼清军战船渐次汇集，施琅遂命三路齐进，以压倒性优势兵力对郑军形成合围。战至中午，南风大作，施琅立即令火器船乘风纵发，以火桶、火罐攻击敌舰。当日申时，也就是下午4点多，郑军惨败，海上遍浮尸殍，水为之赤。郑军已失大半，刘国轩只得聚合残败船只数艘，想顺着海流逃遁。极目四望，清军船只阻塞海面，无路可走，惟吼门清军未加堵御，但吼门水浅且暗礁甚多，从无船只敢过。见清军船只已四面逼近，刘国轩不敢犹豫，将心一横，命令舵工速往吼门，恰遇水涨风顺，竟顺利通过，残败郑军船只悉数逃往台湾。施琅望见，不觉大奇，令陈蟒率快哨追擒，因不熟港路，追之不及。

清军在这场海战中共焚毁、击沉和俘获郑军大小战船近二百艘，其中大炮船三十七艘，大鸟船五十二艘，其他船一百零七艘，缴获许多武器装备，全歼郑军主力，其中征北将军曾瑞、定北将军王顺、水师副总督江钦、右先锋陈谅，援剿右镇郑仁等数十著名将领阵亡，各级将领死伤逾三百，士兵阵亡者一万二千多。随后，清军很快攻克澎湖列岛，郑军澎湖陆上守备将领果毅中镇杨德等165人、士兵四千八百五十三人投降，澎湖外围三十六岛兵民全部投降，仅主帅刘国轩率领各种船只三十一艘、将士数百名，奇迹般地从水浅礁险的吼门逃回台湾。相较之下，清军损失要小得多，从十六日至二十二日，清军官兵阵亡三百二十九人，伤者近二千，大小战舰虽被炮火打损破坏甚多，但多可修复再战。

此役，清军以较小的代价全歼郑军水师主力，作为进攻澎湖的组织者和领导者，施琅战斗中善机变、知进退，指挥有度、奖惩分明，从而率军取得了澎湖之战的胜利。在中国历史上，以六十三岁的高龄敢于行波涛之颠、经炮火之猛、冒生命之险，愿言他人所不愿言，敢为他人之不敢为，勇于身膺专征之重任，挥师渡海征战者，惟施琅绝无仅有了。

自幼施琅有着强烈的敬祖畏天意识，自怀着血海深仇第二次降清以来，笃信天道酬勤、天意灭郑，这种信念是他坚持十三年不殆、复台之心不泯的精神支撑。据施德馨《襄壮公传》载，施琅复任水师提督前夕，曾上奏康熙：“海上肆毒几六十年，夫十甲二十二子相对，数穷六十，其将复平。今卜之天时，揆之人事，郑氏气势，决不能再延。”事实上，台湾海峡六月的台风发生率比十月要高很多，熟悉海信风汛的施琅自然十分清楚，但他却坚定不移地决定于六月乘南风出征。在施琅看来，六月台风的发生率虽高，但毕竟不是日日发生，他要努力尽人事、随天意，正所谓“成事在人，谋事在天。”

出征前，施琅曾对李光地表示，此时出征，常有飓风，但也有偶然不起风的时候，能不能遇上风暴，“此则天意，非人虑所及。”不难看出，施琅之所以敢于在六月进兵澎湖，是因为他了解六月的澎湖并非天天刮台风，并把是否出现台风归之于“天意”。尽管任何一次战斗都有偶发事件，从没有百分之百无一疏漏的作战计划，尽管统帅的作用就是在于面对偶发事件做出正确的判断，但如此重要的大战，如此规律的风信，施琅做出有些铤而走险的出兵之策，决不能用急切的复仇之心烧昏了冷静的判断来解释。也不能说仅只是因为乘北风必败，惟有乘南风一搏的赌徒心态来形容。如果没有一个必胜的精神信仰皈依，任何人都很难有勇气做出如此的决定并义无反顾地投身其中。在出征之后，施琅在军中大力宣扬妈祖庇护“王师”，以此鼓舞将士的斗志，并坚信天意灭郑，上天必将垂顾于大清水师等等，无不验证他信仰的存在。事实正如施琅所料，清军舟师于六月十五日抵达澎湖，到二十二日取得大捷，在这7天7夜里，澎湖竟从未刮过大风，这对于飓风时作的台湾海峡来说，确实称得上是个奇迹。在取得澎湖大捷后，施琅在向朝廷上奏的《飞报大捷疏》中说：“稽古以来，六月时序，澎湖无五日和风，即骤起飓台，怒涛山高，变幻莫测，三军命悬，悉听之天。今抵澎旬余日，海不扬波，俾臣得以调度，七日夜破贼克捷。”并说“莫非上天垂佑，皇上弥天之福”，才使舟师遇上这样的好天气，取得澎湖决战的胜利。后来，施琅广建妈祖神庙，大力宣扬妈祖信仰，一方面是为避免功高震主，另一方面是他相信进攻澎湖之所以海波不兴是因为冥冥之中得到了妈祖庇佑。

施琅真是聪明，大功面前，十分冷静。诺大战功首先归于上天，自己依天意行道，即表明了自己行为的正当性，又强化了自己身份的正统性。这令任何人都不好意思公开反驳。当然此时他也没有忘记也没敢忘记对皇上的歌颂，称是因皇上有天大的福气，才有战斗的胜利。但条件是首先是“上天垂佑”，尽管用了“莫非”二字，其上下、大小一目了然，而使自己在上天和皇上之下找到了一个合适的位置。

刘国轩本是才能卓著的郑军主帅，在战斗中刚愎自用，被动地寄希望于六月的台风，鬼使神差地多次错失良机，致使郑军惨败，这从某种意义上契合了施琅的天意灭郑之说。当刘国轩初闻施琅将于六月统兵攻澎湖时，竟然难以置信：“六月风波不测，施琅是惯熟海务者，岂敢故犯突然兴师乎？”而当施琅之舟师出现在澎湖时，又不以为意地对部下说：“当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身？”而于澎湖海面初次交战后，又拒绝邱辉等人乘夜偷袭施琅舰队的建议，并说：“早晚风起，（清军水师）定不战而溃。”当二十二日施琅率军大举进攻之时，刘国轩断言清军舰队将很快葬身鱼腹，谁知一声霹雳，吹散了海上风云，刘国轩仓促迎战，导致大败。正是因为刘国轩深信六月台风必作，方才一再贻误战机，给了施琅从容整兵、审敌、部署的时间。清军澎湖大捷，给刘国轩造成了严重的心理恐惧，致使他认为天意归清，非人力所能抗拒，因而后来才由一个强力的主战派转而力主降清。

澎湖之战的胜利对于平定台湾有着重大的战略意义。施琅向来将澎湖之于台湾的战略地位喻为人的“咽喉”、屋外的“藩篱”，占领澎湖犹如扼住台湾咽喉、破除台湾藩屏，澎湖一失，台湾门户大开，郑氏必败无疑。如今清军已“扼其吭”、“据其藩”，夺得这一战略要冲，使清军在汪汪海洋中得一立足之地，对台湾造成大兵压境之势，使其处于孤立之境，进退无据、战守两难。郑军在澎湖之战的失利，极大地动摇了郑氏军心，其多年来所依恃的波涛之险的优势瞬间荡然无存，郑氏也顿时成为精神上的漂泊者。此时的台湾远悬海外，无处可退的劣势立即显现出来，这局面无疑加速了郑军内部的进一步分化，为施琅在《密陈专征疏》中提出的攻取澎湖所要达到的军事目的“使其（台湾本岛）不战自溃”创造了有利条件。