继续担任福建水师提督的施琅下令严格约束军队的纪律，减轻当地百姓的负担；解除海禁，兴建各种设施，让老百姓休养生息……施琅收复台湾的活动，留守台湾的主张，治理台湾的方针，不仅符合清廷的利益，而且符合国家和民族的利益。施琅不仅受到了清政府的高度评价，而且也得到了广大民众，尤其是台湾民众的热爱和拥戴……

台湾平定之后，施琅留任福建水师提督，坐镇于厦门，守卫着东南海疆。

康熙二十五年（1686年）十二月，为了让亲人魂归故里，施琅扶送父母和弟弟的灵柩，踏上了回乡的旅程。《襄壮施公传》记载：“祖[1]步行扶梓，迁葬曾祖父、曾祖母，自作祭文，历序起家艰难，丧乱陷害，不克终养为憾之故，跪而捧读，声泪交迸，哀慕震乎林壑。葬祖叔，亦自为传志，述祖叔之英烈孝悌，惨切悲壮，令人不忍终诵。”父兄因施琅遭诛，长期来施琅心中痛苦难以言状。施琅的母亲洪氏临终之时，犹谆谆告诫施琅要报仇雪恨。而今以这样的结局告慰亲人，施琅必然是情有不禁。

施琅回到了家乡。展现在他面前的是地荒人稀，满目疮痍。乡亲们衣着褴褛，面黄肌瘦，生计艰难，战乱所留下的创伤未愈。这让血性而自负的他内心激动，他要为家乡父老尽一份力，让他们从战争的伤痛中尽快恢复过来，过上安宁的生活。施琅在闽任职期间，一心恢复当地生息，严令部队不准扰民，体察民情，凡是有关民生利益之事，能行的，立即施行，力所不能的事，则迅速咨文与各有关部门，期待解决。

施琅在家乡修桥补路、广行善举。每遇荒年他便施米舍粮，“以济民食”。当地有座双拱石桥，跨江而建，但多年的战火使这座桥损毁严重，已无法通行。施琅带头捐俸修桥。素来奉行孝悌思想的施琅对族人更是颇多善举，建宗祠、修家谱、奉祖先、睦家族、护宗亲。在“维时荒凶，两岁荐饥”的情况下，“族众数百家得以举火，其有功于本宗者甚巨”。[2]

考虑到施氏家族为大姓家族，宗派分支甚多，散布各地，因年代久远而多显生疏，施琅召集施氏长者，组织人员筹备编写《浔海施氏族谱》。施世纶在该书“序”中称施琅编写族谱目的是“以叙其所由来，使知其一本之亲，虽久远亦不致有秦越之视。”《浔海施氏族谱》始修于康熙二十二年（1683年），至康熙四十八年（1709年）方才完成，历经二十六年之久。族谱共八十一卷，卷帙浩繁。

此外，施琅晚年在其族内还多有义举，收养孤儿，助老恤弱，力行不倦。遇人有难，便解囊相助，传承了乐善好施的良好家风。施琅故里受其恩惠者多不胜数。

施琅不仅力倡文化教育，且他本人论古撰文、吟咏诗歌，文化修养深厚。据《厦门志》记载，在施琅从台湾移师驻扎厦门时，厦门水师提督府的厅堂后有一座园林建筑，施琅命其名为“来同别墅”。当时被授为参政的郑缵祖，擅长诗文，与施琅相交甚密，对施琅的文学素养非常佩服，曾客居于来同别墅中，撰写了《来同别墅记》。据文中所记，别墅内的园亭池榭的名字均有寓意，施琅将园林命名为“来同”，取自《诗经》中的“徐方既来，徐方既同，天子之功”，蕴归诚同化之义，指台湾为清廷一统、两岸融合，既反映了施琅平定台湾后的喜悦，又表示出中华一统功推康熙的谦躬。联想到后来康雍乾三代文字冤狱不绝，不由得赞叹施琅文武兼备、张驰有度的机智。施琅晚年常在军旅之暇寄情于来同别墅，家中常常高朋满座，雅士云集，臧否古人行事，谈诗论文评书，为乐府诗谱写新曲，极具风雅之趣。他还亲笔撰写著述，介绍自己戎马一涯，有《平南实录》四卷、《靖海纪》两卷等，以及部分诗作传于后世。

施琅从一介凡夫越过复仇的蛮勇武夫形象，终于蜕变为深具儒将风骨、道者气度、佛家悲悯的善良老人。按照传统的价值观念，儒、释、道兼修方可成正果，可谓仰不愧于天，俯不怍于人，俯仰无愧。

施琅尚儒之余，也笃信神灵，热衷于风水、八卦，相信因果报应不爽，到晚年拜佛尤虔，醉心于修寺建庙。泉州有座睢阳庙，又名武安王庙，庙内供奉的是唐代安史之乱时著名的忠臣张巡。施琅捐俸银在泉州兴建此庙，显示出他对历史上忠臣烈士的景仰，可惜此庙后来废于历史的风蚀雨浸。厦门市南郊五老峰的南鹿有座南普陀寺，原名为普照寺。始建于五代，明末时毁于战火。康熙二十二年，施琅平定台湾后驻师于厦门，对此寺又进行了重建，改名为南普陀寺。这是一座规模颇大的佛教寺院，香火十分旺盛，施琅遗迹至今犹存。泉州府文庙，始建于北宋，岁月沧桑，屡废屡兴，其时濒临倒颓。施琅遂“捐俸镪，縻金百万”[3]，解囊重建。至今这座宏伟的文庙香客满盈。

施家自施琅之后人丁兴旺。施琅不仅修身养性，而且重视家教。他经常嘱咐晚辈们：国恩深重，自己年事已高，恨无以报。希望他们努力为朝廷尽忠效力。为使孩子受到良好教育，施琅还十分郑重地礼聘泉州名儒许学衡为子侄们的教师，以课督他们的学业。在其言传身教之下，子侄们多以文才武略而名扬于世，其仕宦者皆有良好政绩，为民者也多有善行。

长子施世泽当施琅还在京城任内大臣时的康熙十九年（1680年），为归清在郑军中谋为内应，事发后亡于郑经刀下。

次子施世纶，官至漕运总督，为官清廉正直，两袖清风，是史上著名的清官。他热心于公益事业，在扬州知府任上时，曾捐俸维修范公堤，扶持贫贱者。据《康熙起居注》所载，施世纶聪毅果敢，抑强扶弱，兴革利弊，政绩颇著。在民间口碑中，他办案公正、不畏权贵，百姓将其喻为宋朝著名清官包拯，称其为“青天”。康熙南巡时，曾召施世纶入见言谈良久，康熙称赞施世纶：“此为天下第一清官也！”施世纶的事迹广为流传，后世之人以其遗闻佚事为原形，演绎而成著名小说《施公案》，在民间盛传不衰。

第四子施世骥，在广东廉州知府任上，兴建义学、鼓励垦荒、兴修水利，为发展该地的农业生产做出较大的贡献。康熙四十九年（1710年）廉州发生饥荒，伴随瘟疫盛行，施世骥为受灾地区发放粮食和药品，救济灾民，深受百姓的爱戴和拥护。康熙对其政绩赞誉有加，称他为官公明正直。

第五子施世X（左马右来），因施琅留其在福建家乡照管家业和祖坟，故未曾出仕任职。他和由施琅抚养成人的施显之子施韬在其家乡晋江等地，捐资修庙建寺、铺路修桥，于灾荒之年赈济乡民，设立育婴堂，所做之善事为当地人交口称赞。

第六子施世骠，历参将、总兵、提督，治军有方，施琅称赞其为深得自己真传。施世骠在定海总兵任上，领军打败在海上横行一时的大海盗。康熙南巡时闻知施世骠事迹，对其赞叹不已，连声称赞施琅后继有人。施世骠治军严明，为人谦和，身为武将，崇尚诗书，礼敬士人，康熙曾御书“彰信敦礼”相赐。

施琅教子有方，家风良好，且具有友爱互敬的风范，其儒雅家声盛传一时。

由于功勋卓著，施琅受到康熙的特别眷宠。《襄壮施公传》记述道：康熙二十七年（1688年），太皇太后即著名的庄皇后逝世，施琅入京哭灵时，康熙特命驸马、礼部大臣等出城于郊外迎接，并沿途设置帐幕，供其休息。施琅抵京后，康熙即于乾清宫如见，对其温言抚慰。施琅以年老体衰，精力不济，且镇守海疆边防，责任重大，做出姿态，请求康熙解除其职。康熙劝慰施琅道：“为将者重智不重力，朕用你之智，不在于你手足之力的大小，你应继续勉力留任！”陈万策在《施襄壮公家传》中记叙，康熙三十二年（1693年），施琅复至京城朝见康熙。时年七十三岁的施琅，步履艰难，行动迟缓。康熙遂命侍臣搀扶着行拜见之礼，特赐施琅以座。施琅再次奏称：“臣已年迈体衰，难以担当重任，请陛下解臣之职。”康熙温言相劝：“朕用你之心智，非用你之体力，你应勤勉地为朕镇守好东南。二十年后，朕还允许你再赴京城面朕！”康熙再度挽留施琅为福建水师提督，并对施琅的军事才能和平定台湾的功绩给予了充分的肯定和高度的评价。同时也对施琅给予训诫：“有言尔恃功骄傲者，朕亦颇闻之。今尔来京，又有言尔当留勿遣者，朕思寇乱之际，尚用尔勿疑；况天下已平，反疑尔勿遣耶！今命尔复任，自此宜益加敬慎，以保功名。从来功高者，往往不克保全始终，皆由未能敬慎之故。”[4]然后皇帝又让他尽量和谐一方，不负圣恩云云。由此可见康熙用人之道。

两次请辞，两度挽留，这是因为施琅对沿海形势的熟悉和赫赫威名无人能代。康熙对施琅慧眼识珠，适时起用，用之不疑，时时警醒，给了施琅不断进步，建不世之功的机会；而施琅忠心不二，坚忍不拔，终建奇功，不负圣恩。康熙与施琅，一代圣君与一代能臣，相映生辉，又相映成趣。

耄耋之年的施琅回福建后继续担任水师提督，为大清王朝、为中华民族镇守东南海疆，鞠躬尽瘁。据大学士王熙《襄壮施公暨配累封一品夫人王氏诰封太恭人黄氏合葬墓志铭》记载，康熙三十五年（1696年）二月，施琅如往常一样骑马出外巡视时不幸染上风寒，回至家中便觉头疼胸闷，咳嗽不止，虽经治疗，却终不见效。至三月，病情日趋严重。三月二十日，守候于施琅病榻前的第五子施世*（左马右来）流泪跪于榻前，记录施琅的口述，随即派人驰送京城,这就是施琅最后的奏疏《君恩深重疏》。

在《君恩深重疏》中，他向康熙表达对其宠眷之恩的感谢，请求康熙准许时任江宁知府的次子施世纶、任浙江严州府同知的四子施世骥二人，在其死后赴福建奔丧，并提请由第八子施世范承袭自己的侯爵之位。之后，以自己生长于福建为由，恳请康熙允许其死后在故乡择地安葬，同时乞请第五子施世*（左马右来）留于家乡，照管祖宗祠庙。临终之际，施琅仍念念不忘宁靖海疆大业，“伏思闽疆滨海重地，而厦门又最要紧。且臣衙门更有统辖台、澎之责，弹压之寄。第臣愚见，如现任江南提督臣张旺历任闽海边疆，臣稔知其人忠勤练达，熟识闽海情形，若以之调补福建水师提督，必克胜任。伏乞皇上睿裁。”最后，施琅在奏疏中写道：“臣今黄壤非遥，丹心未泯，一线微息，满腔哀鸣，贴黄难尽，伏乞皇上宽宥全览，敕部议覆施行。”拳拳赤诚之心，让人慨叹不已。

康熙三十五年（1696年）三月二十一日，一代名将施琅，病逝于福建水师提督任上，享年七十六岁。

施琅的遗疏送达京城之时，康熙皇帝正在西北亲自指挥平定噶尔丹叛乱，未能立即接阅。平叛回京时已是六月初九，当他阅悉施琅之遗疏后，不禁大为伤感，对这样一位为收复台湾、统一国家立下卓著功绩的勋臣的病逝而哀悼不已。据王熙《襄壮施公暨配累封一品夫人王氏诰封春恭人黄氏合葬墓志铭》记载：“施公薨于位，讣闻，上震悼。公遗疏言海疆重寄，镇抚宜得人举江南提臣自代，列荐偏裨以下材略堪任者备擢用。章下各司，格于例。上特旨悉如公所请。予祭葬从厚，加赠太子少傅，谥襄壮。益异数也。”王熙指出，康熙此举是为了“隆礼勋旧，恩意优渥”。事实也正是这样，康熙特别下旨，对施琅所请全部照准，满足其一应要求。六月二十八日，康熙采纳施琅遗疏中的建议，调江南提督张旺为福建水师提督。不久，康熙又谕令：施琅之祭葬从厚，加赠太子少傅、光禄大夫，谥襄壮。

康熙三十七年（1698年）八月十二日，康熙命于施琅墓前立碑纪述其功绩，并亲作《敕建碑文》。在碑文中，康熙称施琅“才略夙优，忠诚丕著”，谓其进征澎湖和台湾时，“能上度天时，下审地势；更行间谍，收拾人心。”建立大功后，“能遵从朕训，保有命名。”当年九月十一日、十四日和十六日，康熙分遣福建分守兴泉道、布政司参议王之麟连续三次谕祭施琅，并在祭文中赞扬施琅“忠勇性成，韬略夙裕”、“果毅有谋，沉雄善断”，给予施琅以极高的评价。

施琅去世的消息传出，福建和台湾各地军民尽皆痛哭，民众为施琅建立祠庙，尊奉他为神明，每年祭祀，相沿成习。在台湾和澎湖地区共建有两座纪念施琅的祠庙。一座是台湾县宁南坊的施将军祠，据《靖海纪事》中所载，康熙二十五年（1686年），台湾百姓为感念施琅入台不戮、力保台湾、开发经济之功德，以原郑氏部将黄安的故宅改建而成祠。该祠系经清廷允许为施琅所建之生祠，令人遗憾的是，因地震倒塌后，再未复建。另一座祠庙位于澎湖大山屿的妈宫城内。据《澎湖厅志》所载，此施将军庙由当地官民所建，创建年代不详，至今尚存，目前仍供奉有施琅的塑像，并且香火不绝。由此可见，施琅身后得到了民众的高度评价，其丰功伟绩，永垂史册，镌刻在人们的心底。他成为以人心来缅怀和纪念的英雄，是经过历史锻造的大中华民族层面意义上的英雄，是必然千古永驻的英雄。